Secondo la leggenda è stato l’eroe Tarconte, in etrusco Tarchuna, Tarchna, a fondare Tarquinia. Già in epoca protovillanoviana, sul Pianoro della Civita, dove ancora oggi sono visibili gli imponenti resti etruschi dell’Ara della Regina, si trovano tracce di un’occupazione dell’area. Dalla metà dell’VIII secolo a. C. alla fine del VI secolo a. C., la città ha un notevole sviluppo sociale, economico e demografico.

Si infittiscono i rapporti commerciali e culturali con il mondo greco e orientale, attraverso il porto di Gravisca, e cresce notevolmente la qualità dell’artigianato locale. Testimonianza di questo periodo florido, l’influenza sulla vicina Roma: la tradizione racconta che la dinastia dei Tarquini, alla quale appartengono Tarquinio Prisco, Servio Tullio e Tarquinio il Superbo, provenga proprio da Tarquinia.

Dopo il V secolo a. C. inizia il declino della città che entra in lotta con Roma, fino alla capitolazione definitiva nel 281 a. C. Dal 70 a. C. diventa municipio romano. Una ripresa significativa si ha nel periodo degli imperatori Antonini. Sede vescovile dal IV secolo d. C., vive una lunga decadenza che porta all’abbandono progressivo del Pianoro della Civita e allo sviluppo, in un colle vicino, di Corneto.

Nel medioevo è un centro agricolo e porto commerciale di rilievo. Possedimento feudale della Contessa Matilde di Canossa, nella seconda metà dell’XI secolo, diviene poi un libero comune con mura fortificate, sostenendo vittoriosamente l’assedio di Federico II (1245) e dei Romani (1283). Nel 1355, dopo una lunga resistenza, cade per mano del cardinale Egidio Albornoz e di Gerardo Orsini, legando la propria storia a quella dello Stato Pontificio. Figura di primo piano nel 1400 per la città è il condottiero e cardinale Giovanni Maria Vitelleschi, che, tra il 1436 e 1439, fa costruire l’omonimo palazzo, oggi sede del Museo Archeologico Nazionale di Tarquinia.

Nel 1435 papa Eugenio IV restituisce alla città la sede vescovile, che viene unita a quella di Montefiascone. Successivamente inizia un’altra lunga decadenza. Per cercare di dare impulso all’economia locale vanno citati gli interventi di Clemente XII per il porto (1738-1748), che da lui prese il nome di Porto Clementino, e Pio VII, per la realizzazione degli impianti di estrazione del sale nel 1802. Tra la fine del 1700 e l’inizio del 1800 è occupata due volte dalle truppe francesi. Torna poi allo Stato Pontificio fino al 1870, quando viene annessa al Regno d’Italia. Nel 1872 prende il nome di Corneto-Tarquinia, mentre nel 1922 assume la denominazione attuale. Durante la Seconda Guerra Mondiale è sede della prima scuola di paracadutismo in Italia.